Next Generation Sequencing for Infection and Outbreak Surveillance as well as Microbiome (NGS KMA RegH)
Afdelingerne for klinisk mikrobiologi på Amager og Hvidovre Hospital samt Herlev og Gentofte Hospital udfører helgenomsekventering på mikroorganismer, der er sygdomsfremkaldende. Disse data bruges i forskning og i det daglige kliniske arbejde til kontrollere for infektioner og til at overvåge udbrud.
Data anvendes i flere forskningsprojekter med det formål at få detaljeret indsigt i bl.a. evolutionen, virulensen og antibiotikaresistensen af mikroorganismer. Next Generation Sequencing-data fra prøver fra Copenhagen Center for Clinical Microbiome Studies (COPMICS) er også en del af de data, der opbevares i Nationalt Genom Centers supercomputer. COPMICS udfører i øjeblikket flere kliniske forskningsprojekter med det overordnede mål at udvikle nye medicinske behandlinger baseret på mikrobiomet.
Nationalt Genom Centers supercomputer muliggør komplekse analyser af både bakterielle genom- og mikrobiomdata. Analyse af omics-data kræver store beregningsressourcer, som Nationalt Genom Centers supercomputer giver os adgang til. Derudover er datasikkerhed en prioritet for os, og ved at bruge supercomputeren opbevares vores data altid på en sikker måde og sikkerhedskopieres for at forhindre utilsigtet tab af data, siger forskningsansvarlig, cheflæge Mette Damkjær Bartels.